Dwie nici DNA owijają się wokół siebie, tworząc słynną podwójną helisę. Kluczem do jej stabilności są oddziaływania między zasadami znajdującymi się naprzeciw siebie. Nie łączą się one jednak przypadkowo – podlegają ścisłym regułom chemicznym:
- Adenina (A) i Tymina (T): Tworzą parę stabilizowaną przez dwa wiązania wodorowe.
- Guanina (G) i Cytozyna (C): Tworzą parę połączoną przez trzy wiązania wodorowe.
Pojedyncze wiązanie wodorowe jest stosunkowo słabe, ale ich ogromna liczba wzdłuż całej nici DNA zapewnia niezwykłą trwałość helisy. Co ciekawe, siła tego połączenia zależy od składu sekwencji: Regiony DNA bogate w pary G-C są trudniejsze do rozdzielenia niż regiony bogate w A-T, ponieważ każda para G-C posiada o jedno wiązanie wodorowe więcej. Ta właściwość jest kluczowa w procesach biologicznych. Słabsze połączenia A-T pozwalają na łatwiejsze "rozpięcie" nici podczas replikacji (powielania DNA) lub transkrypcji (przepisania informacji na RNA), gdzie komórka musi uzyskać dostęp do ukrytego wewnątrz kodu.